مكتبات مكتوبة بلغة Nextflow

خط أنابيب تحليل تسلسل الحمض النووي الريبي باستخدام STAR أو RSEM أو HISAT2 أو السلمون مع تعداد الجينات / الشكل الإسوي ومراقبة الجودة الشاملة.

مجموعة منسقة من أنماط تنفيذ Nextflow (بواسطة nextflow-io).

خط أنابيب التحليل لاكتشاف المتغيرات الجسدية أو السلالة الجرثومية (المعالجة المسبقة ، الاتصال المتغير والشرح) من WGS / التسلسل المستهدف.

ChIP-seq ذروة الاستدعاء ومراقبة الجودة وخط أنابيب التحليل التفاضلي.

ATAC-seq ذروة الاستدعاء وخط أنابيب تحليل مراقبة الجودة.

تجميع و binning من metagenomes.

خط أنابيب تحليل الحمض النووي القديم القابل للتكرار بالكامل والحديث.

تستخدم ملفات التكوين لتحديد معلمات خاصة بحساب البيئات في مؤسسات مختلفة (بواسطة nf-core).

دليل على مفهوم خط أنابيب RNAseq.

(WIP) أفضل ممارسات سير العمل للأمراض النادرة.

كتابة HLA الدقيقة من بيانات التسلسل من الجيل التالي.

دليل على مفهوم خط أنابيب RNA-Seq مع Nextflow.

متغير Germline الذي يستدعي خط أنابيب Nextflow استنادًا إلى أفضل ممارسات GATK4.